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要想用好枯草芽孢桿菌必須滿足一個條件，即：枯草芽孢桿菌的孢子體能夠成功的轉化為營養體并占據優勢長期存活并繼續繁殖發揮作用。使用機理：
1. 形成優勢菌群
如何形成優勢菌群呢?第一，和殺菌劑(指真菌)混用，先殺滅一部分病原菌，第二，和腐殖酸或海藻肥混用，給枯草提供營養以利于其生長繁殖更快。第三，多施充分腐熟含粗纖有機肥。
防菌滅菌則可分兩方面來說，第一，空間占位，枯草有益菌自身生長可占據植株的有限位置使病原菌無法“著陸”。第二，枯草自身可分泌一些溶菌物質使以“著陸”的病原菌無法再危害植物。
2.改良土壤
第一，改良土壤結構，促使土壤中的有機質分解成腐殖酸。第二，固氮，解磷解鉀，提高肥料利用率。第三，產生類似細胞分裂素、植物生長激活素的物質，并分解重金屬、農藥的殘留。以上前三步做好，促根壯苗、增產提質可謂水到渠成。
3.枯草芽孢桿菌的正確使用方法
首先，早用，最好是從苗期開始給植物穿上一層“鎧甲”;其次，先用生石灰，殺菌劑等進行土壤消毒，之后和有機肥結合起來一起施用。最后，連續使用，確保土壤中優勢菌群占據絕對優勢。
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